Las células se obtienen del propio paciente y se congelan mientras el paciente está recibiendo la quimioterapia. Durante un periodo descanso, aprovechando la recuperación de la quimioterapia y usando factores estimulantes de crecimiento de colonias que aumentan las células progenitoras en la sangre. Ello permite recogerlas mediante procedimientos llamados citaféresis. Son mejores tolerados por los pacientes, ya que se les está infundiendo sus propias células, reduciendo el riesgo de algunas complicaciones asociadas a los trasplantes.

El riesgo de recidiva con este tipo de trasplante es mayor que con el trasplante alogénico, pero la toxicidad del tratamiento es menor.